Pete Docter kết hôn với Amanda Docter và có hai người con, Nicholas and Elie.[4] Elie là người lồng tiếng cho nhân vật Ellie lúc còn bé trong Up.[16]

Docter là một fan của anime, đặc biệt với các bộ phim của Hayao Miyazaki. Docter nói rằng phim của Miyazaki có "những khoảnh khắc đẹp đẽ bé nhỏ của chân lý mà bạn chợt nhận ra và đáp lại".[12] Ông cũng là fan của những tác phẩm được làm bởi những đối thủ của mình tại DreamWorks. Ông nói: "Tôi nghĩ rằng môi trường sẽ trở nên lành mạnh hơn khi có được sự đa dạng".[6] Docter là một tín đồ Thiên chúa giáo. Cho dù ông thường kết hợp các đạo lý của mình vào công việc, Docter nói rằng ông không dự định sẽ làm một bộ phim với thông điệp về tôn giáo.[5]

Về mối quan hệ giữa đức tin và việc làm phim, Docter nói:

Tôi không nghĩ rằng con người dưới bất kỳ góc độ nào lại thích bị dạy bảo. Khi mọi người đi xem một bộ phim, họ muốn được thấy một trải nghiệm nào đó của chính họ trên màn ảnh. Họ không đến để được dạy dỗ. Vậy nên theo nghĩa đó, dưới góc độ của bất kỳ đức tin nào, tôi không muốn cảm thấy như thể mình đang thuyết giáo hay đưa ra một chương trình nghị sự [4]